化学物資を利用し化学反応で作られた人工菌である麹菌は、一定の温度を保てれば失敗することなく、全国にある味噌が同じ味が作る特徴があります。温度に失敗したり空気に触れるとカビが発生しやすいので管理がとても大事です。しかし、天然菌で作る場合は、温度が少し低くても空気に触れてもカビは発生せず、チーズになる、メカニズムがあります。敏感になって管理しなくても美味しい味噌になりますが、温度や湿度によって各家庭の味噌は全部違う味になる特徴があります。

人工菌である麹菌は、イソフラボンの量やゲニステイン、GABAの量が天然菌に比べ遥かに低いことを韓国ソウル大学医学チームによって発見されました。天然菌によって作られる場合は、神様の摂理がそのまま刻み込まれ、発酵という本当のメカニズムが行われるのです。それで、人が作った人工菌は本来の神様のメカニズムを知らないため、作られる成分は天と地の差です。

明治維新の時に経済産業など経済成長のために、品質管理、大量生産、流通量、長期保存、こういうことを考えて品質管理や味、大量生産が不安定な天然菌で生産が難しいと判断され、誰でもどの会社でも一定の味、大量生産や品質管理がしやすい、人工菌を選んだのです。そのため、国が決めた菌で味噌を作れば、市販の味噌と同じ味の味噌が作れるようになったことで天然菌の姿は消えてしまいました。